南山国家公园体制试点一直遵循最严格的生态保护制度，有效控制着人类活动和开发力度，同时对非法猎捕野生动物行为予以坚决打击，为野生动物栖息繁衍提供了很好的条件。近几年来，试点区的野生动物种群数量逐渐增加，林麝、中华秋沙鸭、白颈长尾雉、小灵猫等一级野生保护动物频繁现身，黑熊、豹猫、白鹇、鸳鸯等二级野生保护动物的种群数量也在恢复和增加，丰富的野生动植物种群丰富了南山国家公园多彩的生态空间。